对于微生物整体，可利用的碳源极广。从CO2、NaHCO3、CaCO3到糖类、淀粉、纤维素、有机酸、醇、脂类、氨基酸、蛋白质、核酸以及烃类化合物，均是微生物可利用的碳源。异养微生物的最适碳源是C、H、O型，其中糖类是最易利用的广泛碳源，其次是醇类、有机酸和脂类。
微生物在利用碳源方面有哪些特点
1、被生物吸收利用生成续保的微生物;
2、在生化的废水中，投加生物活性碳源，能够提高废水的可生化性;
3、用作反硝化作用的电子供体;
4、在磷过剩时，新型复合碳源能够更好的形成PHB(聚-β-羟丁酸);
5、繁殖速度快、投加简单、无毒无害、为生物持续提供碳生物离子，使用范围广，已扩散吸收。
广泛用于城市污水、屠宰、食品、金属表面、电镀等行业的生化污水处理。
总结：在糖类中单糖优于双糖或多糖，己糖优于戊糖;在多糖中，淀粉优于纤维素或几丁质，纯多糖优于琼脂。不同种的微生物其具体碳源利用的范围很悬殊。洋葱假单胞菌可利用的碳源多达90多种，而产甲烷细菌的碳源仅为CO2和少数几种1C和2C化合物，甲烷氧化菌则仅局限于甲烷和甲醇两种。一些致病的异养菌除有机碳源外尚需10%(V应V)CO2才能生长。
