目前市面上常用的碳源：甲醇、乙酸、乙酸钠、面粉、葡萄糖、生物质碳源及污泥水解上清液等。在使用过程中，需要根据实际工程情况选择合适的碳源。
碳源:糖类(淀粉、葡萄糖、蔗糖等)、油脂(动、植物油)、有机酸(琥珀酸、柠檬酸、乳酸、乙酸等)和低碳醇(甲醇、乙醇等).
糖类:葡萄糖,所有的微生物都能利用葡萄糖,但是会引起葡萄糖效应
糖蜜,是制糖生产时的结晶母液,它是制糖工业的副产物.主要含有蔗糖,总糖可达50%～75%.一般糖蜜分甘蔗糖蜜和甜菜糖蜜葡萄糖蜜.
淀粉、糊精,缺点：难利用、发酵液比较稠、一般>2.0%时加入一定的α-淀粉酶.成分比较复杂,有直链淀粉和支链淀粉等等.优点：来源广泛、价格低,可以解除葡萄糖效应.
